La trama è lineare e viene fornita principalmente per i tagli cinematografici in full-motion video introduttivi e conclusivi. Dopo che il "Material Defender" (doppiato da George DelHoyo) ha distrutto tutte le mine del Sistema Solare nel gioco originale, si ferma nella cintura di asteroidi per attraccare. Viene quindi contattato dall'esecutivo Dravis della Post-Terran Mining Corporation, che sfrutta una lacuna contrattuale per costringerlo ad accettare una nuova missione o rinunciare alla ricompensa e affrontare azioni legali. Il Material Defender acconsente, e mentre Dravis cerca di convincerlo che si sta semplicemente avventurando in una missione di riconoscimento, la sua astronave è dotata di un prototipo di nucleo di warp. Viene quindi inviato per liberare le mine di PTMC nello spazio profondo oltre il Sistema Solare. Il Material Defender si teletrasporta a Zeta Aquilae e ad altri cinque sistemi stellari fittizi e distrugge le loro miniere. Nel sesto sistema, l'ultima miniera sembra attraversare un planetoide, che nella cutscene finale risulta essere una grande astronave. Dopo che l'astronave si spezza, il Material Defender avvisa Dravis del suo ritorno a casa, ma il motore a warp si guasta e si teletrasporta in una posizione sconosciuta. La telecamera sfuma quindi su quella posizione e l'astronave appare, gravemente danneggiata e emana radiazioni in eccesso che si diffondono verso la telecamera, con la scritta "Continua..." visualizzata.