Il sistema solare pacifico e prospero Junos si trovava alla fine della Milky Way. Coloro che chiamavano casa i suoi cinque pianeti non avevano idea di cosa stesse per accadere... Halcyon, regnante del Fourth Empire, aveva designato Junos come bersaglio finale nel massacro galattico e aveva inviato la maggior parte della sua forza d'attacco con un unico scopo: l'eliminazione di tutte le forme di vita nel sistema e la costruzione di una gigantesca fortezza su ciascuno dei cinque pianeti da cui governare la galassia. Galaxy Force II non è un vero seguito del gioco originale, ma una versione potenziata di quest'ultimo. È stato rilasciato circa due mesi dopo la pubblicazione della prima parte, rendendolo obsoleto.