Nel 2013 il mondo fu devastato da un evento apocalittico, annientando quasi tutta l'umanità e trasformando la superficie terrestre in una desolata landa velenosa. Una manciata di sopravvissuti trovò rifugio nelle profondità della metropolitana di Mosca, e l'umanità entrò in una nuova Età Oscura. L'anno è il 2033. Un'intera generazione è nata e cresciuta sottoterra, e le loro Metro Station-Cities assediate lottano per la sopravvivenza tra loro, e gli orrori mutanti che li attendono all'esterno. Sei Artyom, nato negli ultimi giorni prima del fuoco, ma cresciuto sottoterra. Non avendo mai varcato oltre i confini della città, un fatidico evento scatena una missione disperata verso il cuore del sistema Metro, per avvertire i resti dell'umanità di una terribile minaccia imminente. Il tuo viaggio ti porterà dalle catacombe dimenticate sotto la metropolitana alle desolate lande al di sopra, dove le tue azioni determineranno il destino dell'umanità. Ma se la vera minaccia proviene dall'interno?