Prima dell'anno 2060 d.C., l'umanità aveva lentamente cominciato a scoprire manufatti e rovine lasciati nel passato dai Sirians, la famosa e da lungo tempo ritenuta estinta razza proveniente dal luogo di Sirius. Sfortunatamente, Mental ha scelto proprio questo momento per rivolgere la sua attenzione sulla Terra. Egli invia la sua flotta spaziale, portatrice delle sue infinite orde, per attaccare la Terra, guidando una conquista di tre anni che ha spinto l'umanità quasi all'estinzione. In un ultimo disperato tentativo, i sopravvissuti si rivolgono al Time-Lock, un dispositivo recentemente scavato che presumibilmente è in grado di concedere a una singola persona la capacità di viaggiare nel tempo tramite un portale interdimensionale. Attraverso di esso, quella persona potrebbe raggiungere un punto cruciale nel tempo e alterare gli eventi del passato. Ma poiché il dispositivo rimane inattivo, devono prima trovare un modo per attivarlo. Sam "Serious" Stone, parte della Earth Defense force, viene inviato con un distaccamento di soldati nell'Alpha team nell'Egitto moderno, che è occupato dall'armata aliena di Mental. La loro missione originale è riconoscere, incontrarsi ed estrarre Bravo team che protegge il Dr Stein, uno scienziato che porta geroglifici ritenuti contenere istruzioni per alimentare il Time-Lock. L'inserimento di Sam va in tilt quando il suo elicottero viene abbattuto e entrambi i team vengono rapidamente sterminati. Tuttavia, riesce a recuperare i geroglifici dal telefono di Stein nel museo e inviarli al quartier generale. Decifrare indica che c'è una camera Sirian nascosta sotto la Great Pyramid. Sam si fa strada verso un tunnel sotto la Sphinx e scende nella Pyramid. Non solo scopre la camera nascosta, ma recupera informazioni cruciali e un dispositivo bracciale dai resti di ciò che potrebbe essere stata l'ultima Sirian della Terra. Per alimentare il Time-Lock, due generatori di plasma-energia dormienti ma incredibilmente potenti devono essere attivati. Hellfire dal Charlie team inserisce Sam per portare online entrambi. Questo processo viene realizzato lentamente e Team Charlie è schierato per entrare nel Time-Lock. Sam viene sollevato dai suoi doveri e, nel corso dell'estrazione dal Cairo, viene di nuovo abbattuto e costretto a fuggire verso le rovine perdute della Nubia. Attraversando altre tombe, Sam riprende contatto con Hellfire e apprende che le forze di Mental hanno travolto l'esercito umano e li hanno tutti uccisi poco prima di morire ella stessa. Ora, determinata a finire ciò che i Sirians hanno iniziato, Sam giura di usare il Time-Lock di persona e di uccidere Mental nel passato prima che possa distruggere l'umanità nel presente. Sam effettua quindi un ultimo viaggio al Hatshepsut Temple, dove si trova il Time-Lock. La lotta per questa destinazione si conclude con Sam che uccide Ugh-Zan IV. Con la morte di Ugh-Zan IV, il Time-Lock si attiva, mostrando un portale interdimensionale verso 3000 a.C., la linea temporale in cui i Sirians divennero estinti. Sam chiama Mental sul telefono di Stein e viene risposto dalla figlia di Mental, Judy. Lei gli dice che Mental ha intenzione di "moon" lui. Sam nota che Moon precipita rapidamente nell'atmosfera terrestre e fugge attraverso il Time-Lock verso 3000 a.C. mentre Moon colpisce la Terra, distruggendo il pianeta.