Ambientato dieci anni dopo, Stronghold 3 segue la storia di The Boy. The Wolf, a quanto pare, ha ingannato la morte ed è diventato amaro, contorto e psicotico durante la sua dolorosa ripresa nell'Est. Ora è lui a cercare vendetta. Raidando città e villaggi nel cuore della notte, The Wolf ha creato un'ondata di panico, con The Boy e i suoi alleati l'unica forza in grado di fronteggiarlo. Nella Campagna Economica, che si svolge dopo la fine della campagna militare, The Boy aiuta a ricostruire l'abbazia distrutta durante la guerra. (The Boy non aiuta a ricostruire l'abbazia se muore al termine della campagna militare, ucciso da The Wolf.)