Il gioco segue gli eventi del primo gioco, in cui gli alieni funky ToeJam ed Earl atterrano rovinosamente sulla Terra. Dopo essere riusciti a ricostruire la loro astronave e a tornare sani e salvi al loro pianeta natale, Funkotron, i due scoprono presto che un gruppo di terrestri si era nascosto a bordo della loro navicella e ora ha invaso Funkotron.[3] Con gli umani che diffondono il panico tra i cittadini del pianeta, arrivando persino a spaventare la fonte di tutto il funk, Lamont the Funkapotomus, portato in un'altra dimensione, spetta a ToeJam ed Earl mettere a posto il pasticcio che hanno fatto e riportare tutti gli terrestri che hanno portato con loro al luogo da cui sono venuti.