Nell'anno 2087, un residuo dell'U.S. Army chiamato Desert Rangers è basato nel Sud-Ovest degli Stati Uniti dopo la guerra nucleare globale del 1998. Una squadra dei Desert Rangers è assegnata per indagare una serie di disturbi nelle zone vicine e, nel corso del gioco, esplora gli ultimi avamposti della civiltà umana, inclusa Las Vegas post-apocalittica. La squadra del giocatore inizia con quattro personaggi e, nel corso del gioco, può arrivare ad avere fino a sette personaggi reclutando determinati cittadini e creature della landa desolata per la causa del giocatore. Durante il corso del gioco la squadra del giocatore scopre prove di una minaccia più grande che mette a rischio di sterminare ciò che resta dell'umanità nella regione di gioco e, in ultima analisi, nel mondo. La minaccia, un'IA pre-bellica che opera da una struttura militare sopravvissuta; Base Cochise, dove sta costruendo eserciti di macchine killer e umani modificati ciberneticamente con i quali attacca gli insediamenti. Il suo obiettivo è sostituire l'attuale popolazione 'difettosa' con campioni geneticamente puri. Con l'aiuto di un androide pre-bellico chiamato Max, il giocatore recupera la tecnologia e le armi necessarie per fronteggiare il computer nella sua base e fermarlo facendolo entrare in reazione critica del reattore nucleare della base.