Il giocatore veste i panni del comandante della U.N.S. Apollo, la prima nave interstellare dell'umanità, inviata alla velocità della luce per investigare la fonte di un segnale trasmesso verso la Terra da una distanza di centocinquanta anni luce. All'arrivo della sorgente, l'equipaggio viene informato che, a causa degli effetti relativistici, la Terra è ormai stata conquistata dall'Ordine Cantharan Religioso, e il segnale era una messinscena proveniente dagli Ishiman, che desideravano mantenere l'umanità come una razza libera; gli Ishiman avevano in programma di trovare un nuovo mondo per l'equipaggio dell'Apollo. Nonostante gli Ishiman, avanzati ma pacifici, non siano disposti a entrare in guerra diretta con i Cantharan, l'equipaggio dell'Apollo è in grado di convincerli a fornire una quantità limitata della loro tecnologia nel tentativo di liberare la Terra. All'inizio della loro nuova missione, la nave viene ribattezzata Ares.