Qualche tempo dopo gli eventi descritti in Baldur's Gate, il protagonista e i suoi amici Imoen, Minsc e Jaheira sono stati catturati da un mago elfo chiamato Jon Irenicus. Le sue intenzioni e la sua connessione agli eroi sono sconosciute; Irenicus conduce esperimenti su di loro, tenendoli in gabbie da qualche parte nel suo vasto complesso sotterraneo. Durante la sua assenza, gli eroi riescono a fuggire, e presto si trovano nella città di Athkatla nel paese di Amn, dove affrontano Irenicus. Tuttavia, in quel momento arrivano diversi maghi e arrestano sia Irenicus sia Imoen per uso non autorizzato della magia. Il primo compito da affrontare è raccogliere i soldi necessari per salvare Imoen, prima di fronteggiare nuovamente Irenicus e svelarne i veri obiettivi. Baldur's Gate II: Shadows of Amn è un gioco di ruolo basato sul gruppo che utilizza le regole AD&D. Il gameplay di base è simile a quello del suo predecessore: il giocatore controlla una squadra fino a sei combattenti attivi attraverso ambienti isometrici, conversando con personaggi non giocabili mediante dialoghi ramificati e combattendo nemici in tempo reale, con movimento libero, che può essere messo in pausa per impartire ordini specifici ai personaggi. Lo spostamento nel mondo ora avviene selezionando località su una mappa anziché esplorare aree selvagge per raggiungere la destinazione. Tuttavia, il mondo di gioco è più vasto rispetto al gioco precedente, con un maggior numero di località da visitare e missioni secondarie da svolgere. Essendo un diretto seguito di Baldur's Gate, il gioco permette al giocatore di controllare personaggi più forti e di livello superiore sin dall'inizio. Il personaggio principale può anche essere importato dal precedente capitolo. Tre nuove classi (stregone, monaco e barbaro) sono disponibili insieme a quelle presenti nel gioco originale. I personaggi possono anche acquisire specializzazioni all'interno della maggior parte delle classi: ad esempio, un paladino può diventare un cacciatore di draghi o inquisitore. Le competenze con le armi sono più specifiche: ad esempio, invece di specializzarsi solo nelle lame, il giocatore può scegliere tra competenze in spade lunghe, spade a due mani, spade bastarde, katane e scimitarre. Ci sono molti nuovi tipi di armi, armature e incantesimi nel seguito. Sedici personaggi possono unirsi al gruppo nel corso della storia. Ognuno di loro ha le proprie motivazioni, a volte in conflitto con quelle degli altri personaggi. Gli eventi guidati dalla trama e l'interazione sia con personaggi giocabili sia con personaggi non giocabili sono notevolmente aumentati nel seguito. Il personaggio principale può anche corteggiare alcuni dei compagni scegliendo comportamenti e linee di dialogo appropriati. Il gioco permette al giocatore di prendere molte decisioni morali e di seguire missioni secondarie specifiche dei personaggi non correlate alla storia principale. Molti dei compagni portano le proprie missioni, e compiti unici sono disponibili per il personaggio principale a seconda della sua classe.