Dopo che il Joker assale Gotham City Hall, viene catturato da Batman e portato all'Arkham Asylum, che ospita temporaneamente molti membri della banda del Joker, che erano stati trasferiti dopo un incendio al Blackgate Prison. Credendo che il Joker si sia lasciato catturare, Batman lo accompagna all'Arkham Asylum. Il piano del Joker viene rivelato mentre Harley Quinn prende il controllo della sicurezza e il Joker scappa all'interno della struttura, aiutato da una guardia corrotta che rapisce Commissioner Gordon. Il Joker minaccia di far detonare delle bombe nascoste in giro per Gotham City se qualcuno tenta di entrare in Arkham, costringendo Batman a lavorare da solo. Inseguendo Quinn fino alla struttura medica per salvare Gordon, Batman è esposto alla tossina della paura dello Scarecrow e allucina, vedendo la morte di Gordon e i cadaveri dei suoi genitori che gli parlano. Dopo aver respinto lo Scarecrow, Batman trova e mette a tacere Quinn prima di salvare Gordon. Il Joker quindi guida Batman verso il Bane catturato, che è stato sottoposto a esperimenti dalla dottoressa Penelope Young. Il Joker libera Bane e Batman è costretto a combattere contro di lui, durante il quale Quinn scappa. Dopodiché, va in un'installazione segreta della Batcave che aveva nascosto sull'isola, dove Batman riapprovvigiona i suoi gadget.