Prologo Nuovo detenuto di Arkham City e crescente signore della guerra, Two-Face elabora un piano per giustiziare pubblicamente la compagna di prigionia Catwoman dopo che lei prova a riprendersi alcuni dei suoi proventi illeciti dal suo nascondiglio. Nel frattempo, Gotham City stessa è degenerata in uno stato di polizia gestito dal sindaco Sharp, dove i cittadini con la minima traccia di un precedente penale si ritrovano spediti nel distretto carcerario. Coloro che osano sfidare le politiche di Sharp diventano bersagli di scomparse orchestrate, diventando prigionieri politici intrappolati dietro le mura di Arkham. Tra questi c'è Bruce Wayne, che tiene un comizio per contestare la proposta di trasformare metà della sua città in una riserva recintata per persone incline al crimine. Separato dalla società, sostiene che si siano resi responsabili della propria sopravvivenza in un inferno urbano anarchico caratterizzato da sanguinosi scontri tra bande. Benvenuti ad Arkham City Wayne, come ultimo bersaglio della vendetta di Sharp, viene rapito dagli operativi della TYGER Security che lavorano per Hugo Strange, il quale è a conoscenza della sua doppia identità di Batman. Strange intende svelare nuovi piani per Arkham City prima che la notte finisca, un'operazione denominata Protocollo 10, che lo porrà come sovrano supremo di Gotham. Ora detenuto, il Cavaliere Oscuro riesce a far consegnare da Alfred Pennyworth l'equipaggiamento per combattere il crimine direttamente a lui tramite un airdrop, e si prepara a salvare Catwoman da Two-Face per il bene della loro relazione passata, mentre scopre la vera natura del Protocollo 10.