La storia di questo gioco riguarda il giocatore nel controllare la propria creatura (sia una nuova sia quella che hanno usato in Black & White) e nel portare a termine missioni, che vengono affidate al giocatore dai membri di una Fratellanza. I membri sono tutte creature che non sono controllate da un dio, e indossano tutti braccialetti per mostrare l'appartenenza a questa Fratellanza. Una volta che il giocatore completa una missione, può quindi affrontare la creatura che gli ha affidato la missione o scegliere di affrontare di nuovo quella creatura o utilizzare quella creatura a proprio piacimento. Una volta che il giocatore avrà completato con successo tutte le missioni e avrà vinto tutte le battaglie, potrà vedere Eve e avere un cucciolo domestico per la propria creatura. L'animale domestico del giocatore avrà quindi un altro animale domestico, che può aiutare sia la creatura sia il giocatore. Inoltre, esiste il miracolo della velocità, anche se nessuna delle schermaglie presenti nel gioco lo utilizza. Può essere usato per superare più facilmente diverse prove. Se il giocatore non ha una creatura di una certa altezza, la creatura verrà ingrandita. Conoscerà automaticamente i tre incantesimi di base (cibo, acqua e legno). La creatura predefinita per i profili appena creati in Creature Isle è l'Ape.