Dark seed II continua l'incubo senza fine di Mike Davison mentre si riprende da un crollo nervoso provocato dai suoi incontri precedenti con The Ancients. Di ritorno nella sua città natale, la fidanzata delle superiori di Mike, Rita, viene trovata morta dopo la riunione della scuola superiore. Sfortunatamente, Mike non ricorda gli eventi di quella notte, anche se era stato visto con Rita. Mike diventa il principale sospettato e ora deve lavorare per provare la sua innocenza. Scavando tra i segreti sporchi dei suoi vicini, Mike, inconsapevolmente, si imbatte nel "mondo oscuro", un luogo che pensava di non vedere mai più. The Ancients sono tornati per vendicarsi di Mike e scatenare nel "mondo normale" un'entità malvagia per distruggere l'umanità. Come Mike Davison, devi dimostrare la tua innocenza e impedire agli The Ancients di portare a termine il loro piano finora più ingegnoso. Ariesps