Da allora hai appreso dai sopravvissuti di Black Mesa che queste forze militari, che operano su istruzioni di un funzionario governativo sconosciuto, hanno in effetti rapito il personale scientifico di punta della Research Facility e li stanno trattenendo contro la loro volontà nel Black Mesa Central Command. Quando ricevi notizie dai tuoi colleghi scienziati catturati, scopri che i tuoi colleghi stanno per essere trasportati in volo a breve in una località remota segreta dove, come temuti dai tuoi peggiori timori, saranno costretti con la pistola puntata ad iniziare la costruzione di un'arma di distruzione di massa basata sulla tecnologia di teletrasporto sviluppata nei laboratori di Black Mesa. Con un numero crescente di persone che avvistano strane creature aliene nelle aree popolate, sempre più persone cominciano a rendersi conto che la versione del governo non è esattamente la verità, tutta la verità e nulla di meno. Man mano che la situazione continua a sfuggire di mano, il governo sta adottando misure sempre più disperate per nascondere la verità su quanto è accaduto al Black Mesa Complex. Con l'evacuazione militare di Black Mesa quasi completa, circolano voci su piani governativi spaventosi per distruggere il complesso. Riuscirai a raggiungere gli scienziati in tempo per salvarli ed evadere per smascherare la copertura del governo? Il tempo stringe…