Opposing Force si apre con Shephard che viaggia su un V-22 Osprey insieme al suo plotone. La sua squadra discute del loro dispiegamento, piuttosto irritata dal fatto che non sia stato loro detto per cosa vengano schierati. Tuttavia, mentre si avvicinano alla zona di atterraggio di Black Mesa, creature aliene volanti attaccano la formazione dell'Osprey, costringendo l'Osprey di Shephard ad un atterraggio di emergenza. Shephard riprende conoscenza in una sala medica di Black Mesa, assistito dal team scientifico, apprendendo che i Marines stanno subendo una sconfitta costante dalle forze aliene di Xen e che sono giunti ordini di ritirarsi. Di conseguenza, Shephard parte per raggiungere un punto di estrazione ed evacuare la struttura. Tuttavia, l'enigmatico G-Man gli impedisce di raggiungere il punto di estrazione, costringendo il mezzo di evacuazione a partire senza di lui. Altri Marines che sono stati anch'essi lasciati indietro si uniscono a Shephard e cercano di raggiungere un altro punto di estrazione vicino al Lambda Complex di Black Mesa, ma lungo il percorso vengono attaccati da unità di operazioni nere, intenzionate a contenere la situazione e a eliminare tutti i sopravvissuti. Shephard arriva al Lambda Complex in vita, e intravede brevemente Gordon Freeman mentre quest'ultimo si teletrasporta a Xen negli ultimi stadi di Half-Life. Per sfuggire alla camera di teletrasporto, Shephard è costretto ad entrare in un portale separato, che lo porta brevemente su Xen prima di deporlo in una zona completamente diversa dell'impianto. La struttura è ora gravemente danneggiata, e diventa presto chiaro che una nuova razza aliena, Race X, ha approfittato della situazione per montare una invasione localizzata, attaccando sia le forze umane che quelle di Xen in Black Mesa in modo indiscriminato. Gli scontri tra le unità di operazioni nere e Race X si intensificano rapidamente. Shephard incontra presto ulteriori unità Marine rimaste bloccate tra le rovine della base, e cerca di sfondare le unità di operazioni nere per raggiungere un punto di fuga oltre l'unità di stoccaggio dell'impianto, ma incontra una forte resistenza sia da Race X sia dalle unità di operazioni nere. Una guardia di sicurezza sopravvissuta di Black Mesa rivela a Shephard che gli operatori delle operazioni nere hanno l'intento di far detonare un'arma nucleare tattica nella base, sigillandola completamente e uccidendo tutto al suo interno. Dopo aver neutralizzato con successo l'unità di operazioni nere che la sorvegliava, Shephard disarma l'ordigno e si dirige verso le vicine aree di stoccaggio, con l'intento di fuggire. Tuttavia, il G-Man riarma l'ordigno mentre Shephard parte. L'area di stoccaggio è diventata un campo di battaglia tra Race X e le unità di operazioni nere, e sebbene Shephard riesca a sfuggire loro, un'altra guardia di sicurezza gli informa che qualcosa di molto grande sta passando attraverso un portale alieno che ostruisce la via d'uscita. Al portale, Shephard scopre un Gene Worm, una creatura massiccia che facilita l'invasione di Race X. Shephard è in grado di uccidere la creatura, ma poco dopo viene teletrasportato su un Osprey dal G-Man. Mentre il G-Man si congratula con Shephard per i suoi successi, l'ordigno nucleare esplode sullo sfondo, distruggendo Black Mesa. Il gioco si chiude con il G-Man che trattiene Shephard in un luogo in cui non può dire a nessuno ciò che ha visto e non può essere ferito, in attesa di ulteriori valutazioni.