F.A.K.K.² sta per Federation-Assigned Ketogenic Killzone al secondo livello, ed è anche l'alias sia dell'eroina Julie sia del suo pianeta natale. Prima che il gioco inizi, ci viene detto che Julie in passato ha ucciso un tiranno e un 'Dio in potenza' chiamato Lord Tyler (durante gli eventi di Heavy Metal 2000), e ha riportato i resti del suo popolo su Eden. Le genti di Eden hanno fatto una scoperta sconcertante: le acque del pianeta conferiscono la vita eterna a chi le beve, e hanno restaurato un paradiso rurale, al pascolo dei 'creepers' (grandi creature simili a tori) e che conducono la loro vita in pace. Questo pianeta è camuffato da un faro FAKK2 e fatto apparire come una landa desolata disseminata di pericoli biologici, nella speranza che resti nascosto da qualsiasi minaccia. Tuttavia, una creatura chiamata Gith, che appare solo come una testa cibernetica disincarnata, gestisce una iper-corporation chiamata Gith Industries i cui 'dipendenti' sono poco più che schiavi. Egli spazza l'universo a bordo di una nave composta da tre quarti di un pianeta, e si dirige verso un luogo chiamato Na'ChThraThull, o 'il luogo delle macchine morbide', che si rivela Eden. Poi una serie di asteroidi esplosivi abbassa lo scudo del pianeta, e un gran numero di mostri (in realtà gli 'dipendenti' di Gith) invadono Eden. Questi includono enormi zanzare e la loro fonte, una grande regina chiamata la Vymish Mama, Grawlix senza pelle, piante che lanciano dardi avvelenati, enormi piante carnivore, i Fleshbinders cibernetici di Gith e i Soul Harvesters. Julie, con l'aiuto del gunsmith Otto e di altri cittadini, attraversa Eden assediata per ripristinare lo scudo, invano, come si scopre, poi attraversa le paludi per trovare Gruff, che le apre il percorso al Temple of the We. Poi supera le quattro prove del We prima di entrare nel tempio finale dove è custodito il Heart of the We. Tuttavia, Gith la aspetta, e ruba Heart of the We e lo usa per riportare in vita Lord Tyler, così da poter vendicarsi di Julie. Tuttavia, Julie combatte e uccide Lord Tyler e ottiene Heart of the We, scacciando Gith. Ritorna in città solo per scoprire che sua sorella incinta è stata rapita da Gith, che torna su una gigantesca stazione spaziale, lasciando così spazio a un seguito e/o a futuri sviluppi.