In Killing Time, il protagonista è un ex-studente di egittologia deciso a scoprire il mistero dietro un reperto egizio scomparso. L'antico "Water-Clock of Thoth" era stato scoperto dal suo professore di egittologia, il dottor Hargrove, ma l'artefatto scomparve poco dopo la visita del mecenate della spedizione, Tess Conway. Tess è l'ereditiera ricca della tenuta di famiglia sull'isola di Matinicus, dove tiene accanto a sé i suoi amici e le sue pedine, per ottenere il vero potere della Water-Clock. Con il procedere del gioco, il giocatore scopre che Tess ha usato diverse persone per ottenere ciò che desidera, ma a caro prezzo. Qualcosa è andato terribilmente storto, trasformando tutti sull'intera isola in spettri inquieti, demoni o non morti. Nella cinematica di apertura di tutte le versioni del gioco, Boldt Castle, situato sull'Heart Island nella regione delle Thousand Islands del fiume Saint Lawrence, viene utilizzato come rappresentazione visiva della Conway Estate.