La storia della modalità per giocatore singolo di Marathon Infinity, intitolata "Blood Tides of Lh’owon", non è raccontata in modo esplicito. La narrazione inizia come se gran parte, se non tutto, degli eventi di Marathon 2 non fossero accaduti. Alla fine del Marathon 2 vero e proprio, mentre il dispositivo Trih Xeem dei Pfhor — o "early nova" — viene sparato contro il sole del Sistema S'pht per esploderlo, Durandal narra una leggenda antica degli S'pht in cui una entità caotica nota come il W’rkncacnter — un'orrenda abominazione — fu sigillata all'interno di quel sole dai Jjaro — una razza altamente avanzata di secoli passati, la cui tecnologia è l'unico residuo della loro esistenza — eoni fa. La storia coinvolge il giocatore nel "saltare" tra realtà alternative tramite surreali sequenze oniriche, nel tentativo di impedire che il W’rkncacnter venga liberato dal sole morente di Lh'owon. Questi salti sono apparentemente causati o dalla tecnologia lasciata dai Jjaro o dalla caotica natura del W’rkncacnter. Il giocatore inizia come alleato di Durandal, per poi essere trasportato quasi immediatamente in una realtà in cui Durandal non ha salvato il giocatore alla fine del primo gioco, Marathon; di conseguenza, è controllato dall'IA Tycho torturata dai Pfhor.