Mercenaries copre gli anni dal 3044 al 3052, concludendosi con la Battaglia di Luthien. Pertanto, è un prequel agli altri giochi MechWarrior 2 e include missioni relative all'invasione dei Clan. Il giocatore può accettare contratti da una delle quattro fazioni: il Draconis Combine (DC), il Federated Commonwealth (FC), ComStar (CS) o la Free Rasalhague Republic (FRR). In generale, la trama di sfondo riguarda il Draconis Combine e il Federated Commonwealth che danno inizio a mosse verso un'altra guerra tra i due grandi poteri, con la FRR e ComStar (CS) che cercano di farli litigare tra loro rimanendo nel mezzo. Lo sfondo di ciò è il dopoguerra della Guerra del 3039 tra i due grandi poteri (che fu sostanzialmente uno stallo) e l'accumulo di forze da entrambe le parti in vista della prossima guerra. Il giocatore può accettare contratti da entrambe le fazioni senza censura da parte di nessuna, anche se farlo farà chiudere le opportunità contrattuali a tempo se il giocatore è già impegnato. Le missioni includono l'aiuto (e la repressione) di rivolte, generalmente per conto rispettivamente della FC e DC, ricognizioni approfondite e raid, campagne anti-pirateria e persino combattimenti contro altre unità mercenarie. Il giocatore può anche tentare di vincere la corona di Campione di Solaris nei Battlemech Games, all'interno di enormi arene chiuse. Queste missioni si rivelarono così popolari da essere riportate in MechWarrior 4: Mercenaries. La preparazione a una guerra tra i due Grandi Poteri prende improvvisamente una piega drammatica con l'invasione dei Clans. Il giocatore viene catapultato nelle battaglie contro i 'mechs' sconosciuti dei Clans. Per un periodo catturato dal Clan Wolf, il giocatore ritorna all'Inner Sphere e combatte alcune delle principali battaglie dell'invasione, come la Battaglia di Wolcott (che è rappresentata in modo impreciso come una campagna di più giorni piuttosto che come un'imboscata di pochi minuti), nonché l'invasione culminante di Luthien. Il gioco si chiude con una sequenza della Battaglia di Tukayyid con una lancia dei Com Guards, guidata dal Precentor Martial di Comstar Anastasius Focht, che distrugge una Clan Star.