Il 23 agosto 2029, l'asteroide 99942 Apophis entra in collisione con la Terra, distruggendo la civiltà umana e trasformando il mondo in una landa desolata. I sopravvissuti si riuniscono per formare insediamenti attorno a oasi e ad altri luoghi pratici o abitabili, mentre le lande desolate sono afflitte da vari clan di banditi e mutanti, che attaccano tutti gli umani normali in un'orda vorace. Nel 2135, il tenente ex U.S. Marine Nicholas Raine emerge da un Ark, un rifugio sotterraneo, 106 anni dopo essere stato posto in stasi. Questi rifugi sotterranei sono il diretto risultato di Eden Project, una massiccia impresa internazionale in cui centinaia di Arks, contenenti pod criogenici, furono sigillati sotto la superficie della Terra per preservare una parte della popolazione umana sufficiente a ricostruire la civiltà dopo la collisione dell'asteroide. Eden Project si rivelò molto meno riuscito di quanto sperato, poiché l'Ark di Raine, in particolare, fu pesantemente danneggiato, con tutti gli altri abitanti morti e le attrezzature distrutte, e lui si risveglia da solo senza alcun obiettivo specifico in mente. Raine esce in superficie, dove viene immediatamente attaccato dai banditi ma viene salvato da Dan Hagar, un colono della landa desolata che lo conduce al suo insediamento. Hagar gli informa che un'organizzazione potente e tecnologicamente avanzata nota come Authority, che si ritiene l'unico vero governo della landa desolata, sta cacciando i sopravvissuti Ark per uno scopo sconosciuto. Raine aiuta brevemente l'insediamento di Hagar e altri nella zona completando alcuni piccoli lavoretti, e durante questo periodo si rivela che i nanotriti iniettati nel sangue di Raine prima di essere inviato in ibernazione gli hanno conferito abilità sovrumane per aiutarlo a sopravvivere all'ambiente ostile, ma lo hanno reso prezioso per l'Authority. Hagar ritiene che la presenza continua di Raine sia troppo pericolosa per l'insediamento e lo invia invece nella vicina Wellspring. A Wellspring, Raine aiuta la città con vari problemi, come respingere banditi, mutanti e trasportare rifornimenti. Alla fine entra in contatto con il Dr. Kvasir, uno scienziato anziano che in passato ha lavorato per l'Authority, che racconta a Raine degli esperimenti disumani di cui erano responsabili, come la creazione dei mutanti. Kvasir lo mette in contatto con la Resistance, un gruppo armato anti-Authority, dove gli viene affidato il compito di salvare il loro leader, Captain Marshall, recentemente imprigionato dall'Authority. Raine attira di nuovo l'attenzione dell'Authority, costringendolo a fuggire da Wellspring e a unirsi alla Resistance presso la loro sede a Subway Town, dove guadagna la fiducia della città e del suo sindaco tirannico, Redstone. Apprende anche cosa sia successo nell'ultimo secolo da Captain Marshall, che è a sua volta un Ark sopravvissuto. Il generale Martin Cross, che era al comando dell'Eden Project, sabotò l'operazione poco prima che 99942 Apophis colpisse la Terra, assicurando che solo gli Arks con persone fedeli a lui venissero aperti secondo i tempi previsti, con questa prima ondata di sopravvissuti Ark che alla fine formò l'Authority. Le restanti Arks avrebbero dovuto rimanere sottoterra per sempre in ibernazione, inclusa l'Ark di Raine, che emerse solo perché i suoi sistemi erano danneggiati e si sollevò automaticamente per proteggere eventuali abitanti sopravvissuti. Con l'Authority che inizia a espandere forzatamente la propria influenza sugli insediamenti della landa desolata, la Resistance è costretta ad agire con l'aiuto di Raine, capace di recuperare dati che mostrano la posizione di ogni Ark sul pianeta. Captain Marshall progetta di usare questi dati per attivare tutti gli Arks e formare un esercito in grado di sconfiggere l'Authority, ma l'unico modo per farlo è trasmettere i dati da Capital Prime, la sede principale dell'Authority. Da solo, Raine si fa strada attraverso Capital Prime per trasmettere il codice di attivazione dell'Ark, e il gioco si conclude con tutti gli Ark rimanenti che diventano attivi e affiorano contemporaneamente.