Anno Domini 1997, New York City Dopo aver sconfitto l'impero criminale malvagio Neo Zeed, Shinobi non fu più visto. Le sue abilità di ninja da combattimento non erano necessarie in un mondo pacifico. Ma emerse una nuova minaccia. In una forma rettiliana che viveva solo di istinti feroci. La creatura colossale si muoveva lentamente e silenziosamente, e il suo attacco era implacabile. Le anime sfortunate che riuscivano a vivere divennero 'ostaggi'. Un panico di massa dilagò per le strade. Era solo compito di Shinobi intervenire. Il ninja delle ombre. Le sue armi erano la furtività e la rapidità d'attacco. I suoi unici alleati di fronte a una forza travolgente. Affidandosi alle armi ninja e alla magia, Shinobi continuò a combattere. Aiutato dal suo fedele cane. Questa è la storia della loro sfida.