Shantae e le Sette Sirene racconta di Shantae e delle sue amiche in vacanza a Paradise Island, dove incontrano altri Half-Genies, e Shantae è invitata al Half-Genie Festival. Tuttavia, scopre presto che le cose non sono come sembrano poiché gli altri Half-Genies sono stati rapiti. Spetta a Shantae esplorare la Sunken City, antica e sommersa, e superare i suoi labirinti insidiosi per salvare gli altri Half-Genies e scoprire che sono stati rapiti. Lungo il percorso, scopre nuove abilità di danza e Fusion Magic a trasformazione istantanea, e combatte contro i misteriosi sovrani della Sunken City, le Sette Sirene. Tuttavia incontra anche la sua nemesi di lunga data, Risky Boots, che cerca un misterioso tesoro che si dice risieda sotto l'isola.