Il gioco si apre in medias res: uno sconosciuto rapisce Rhys e Fiona e li costringe a raccontare la loro storia condivisa del Gortys Project. Rhys, un dipendente di Hyperion sulla stazione spaziale Helios, viene retrocesso da Hugo Vasquez. Avendo sentito che Vasquez sta acquistando una Vault Key da August, Rhys e Vaughn portano a Pandora una valigetta di denaro rubata per comprarla per primi. Tuttavia, Rhys, Vaughn e August scoprono che la Vault Key è una finta creata dai truffatori Fiona e Sasha e dal loro mentore Felix. Il denaro viene rubato da Bossanova, e Rhys, Vaughn, Fiona, Sasha e Felix formano un'alleanza riluttante per recuperarlo. Rhys installa un chip ID Hyperion che aveva recuperato dal cadavere del professore Nakayama nei suoi impianti cibernetici, sperando che possa aiutare a localizzare la Vault Key; perde conoscenza, ma non accade nient'altro. Alla fine, localizzano il denaro vicino a una struttura Atlas segreta, e Felix se ne impadrona. Lui attiva la serratura esplosiva della valigetta, morendo o riuscendo a fuggire a seconda della scelta di Fiona. Gli altri scoprono il nucleo Gortys all'interno di una camera segreta nella base Atlas. Un ologramma di Handsome Jack appare a Rhys e annuncia di aver trovato il Gortys Project, che li condurrà a una Vault.