Il gioco è ambientato in Silentia, un mondo fantastico da sogno, che è la casa di un giovane clown di circo triste di nome Sadwick. La storia inizia quando si sveglia nella sua roulotte del circo itinerante dopo aver vissuto un incubo ricorrente, in cui vede il mondo crollare. Sadwick va a fare una passeggiata in una foresta vicina e incontra Bobby, un Chaski, messaggero del Re. Bobby si sta dirigendo verso Corona, il castello reale, per consegnare un potente artefatto, la Whispering Stone, al re. Egli afferma che la fine del mondo è vicina e che la terra si sta già spezzando e che gli Asgil, un'orribile orda di creature sotterranee, stanno circondando Corona. Egli dice a Sadwick che ha cercato invano un'oracolo di nome Shana per consigli su come abbreviare il viaggio, e gli chiede di aiutarlo a trovarla. Sadwick crede che forse lei possa interpretare i suoi incubi e convince Bobby a dargli la Whispering Stone per aiutarlo a trovare l'oracolo. Poco tempo dopo, Bobby viene spaventato via e scompare in quello che Sadwick crede sia stato un attacco degli Asgil. Sadwick trova un passaggio segreto che, attivato dalla Whispering Stone, lo conduce da Shana, e scopre da lei che il suo destino è distruggere il mondo. Shana guida Sadwick verso un'isola vicina per trovare la misteriosa Kalida che alla fine lo porta vicino a Corona. Lì Sadwick si imbatte nel covo degli Asgil e riesce ad ascoltare i piani del leader degli Asgil, Loucaux, ma viene catturato e gettato in una cella della prigione. Dopo essere riuscito a fuggire, riesce a salire su una locomotiva a vapore volante diretta a Corona, dove incontra di nuovo Bobby, che dice a Sadwick che è troppo tardi e che il re si è chiuso nelle sue stanze. Esplorando il castello, Sadwick trova un modello di un sistema planetario legato al flusso dello spazio-tempo stesso. Incontra l'astronomo reale che gli dice che la Whispering Stone rappresenta il pianeta Silentia nel modello di 5 pianeti e che il re deve riparare il sistema per ripristinare l'equilibrio, ma è malato, e solo quando il sistema sarà riparato potrà attivare la fontana della Water of Life che può risvegliare il re.