Il gioco inizia quando Geralt di Rivia, uno dei pochi witcher rimasti – cacciatori di mostri itineranti al servizio di chi li ingaggia, dotati di poteri innaturali – viene trasportato alla roccaforte degli witcher di Kaer Morhen dai suoi compagni witcher che lo avevano trovato incosciente in un campo. Geralt ricorda quasi nulla della sua vita prima di quel punto. Viene portato a Kaer Morhen, la base degli witcher, dove incontra una maga di nome Triss Merigold. Il castello è attaccato da una banda di briganti chiamata Salamandra, guidata da un criminale noto come il Professore, da una maga chiamata Savolla che controlla un enorme mostro simile a una mantide religiosa, e da un'altra maga chiamata Azar Javed. Gli witcher e la maga riescono a sconfiggere il mostro e ad uccidere Savolla, ma il Professore e Azar riescono a fuggire con i mutageni che modificano geneticamente gli witcher. Dopo aver curato Triss delle ferite riportate durante il combattimento con Javed, Geralt e il resto degli witcher si dirigono in direzioni diverse per trovare informazioni su Salamandra.