Molto presto all'inizio del gioco, una guardia di sicurezza viene ferito in una missione di ricognizione su un pianeta vicino ed è portato in sala medica. Mentre gli scienziati lo operano, un Headcrab esplode dalla cavità toracica, richiamando una scena di Alien, costringendo gli scienziati ad attivare un inceneritore. Il getto di fiamme uccide l'Headcrab ma provoca anche la detonazione di una tanica di carburante, creando una reazione a catena. Questo provoca un'impennata di energia che danneggia gravemente il computer principale dell'USS Darkstar, disattivando tutti i campi di forza e liberando gli alieni che uccidono la maggior parte dell'equipaggio. Tuttavia, Freeman riesce ad arrivare a una capsula di salvataggio e a fuggire dalla nave, poco prima che essa esploda. Il gioco si chiude con la capsula di Freeman diretta verso un pianeta vicino, inseguita da una grande nave aliena. Almeno un altro scienziato è sopravvissuto anche alla distruzione dell'USS Darkstar. Durante l'ingresso di Freeman nei laboratori, si può vedere attraverso una finestra uno scienziato (di nome Walter) in un ascensore della capsula di salvataggio. Quando si arriva alla sala di lancio della capsula di salvataggio, uno dei veicoli è già stato lanciato.