Durante l'attacco del Tiger' Claw contro il K'tithrak Mang, hai incontrato diversi combattenti che svanivano misteriosamente dalla vista. Anche il tuo radar non riusciva a rintracciarli! Non volendo allarmare la Tiger' Claw per quello che pensavi fosse un malfunzionamento del radar, sei andato a cercare i combattenti fantasma. La ricerca ha ritardato il tuo ritorno alla Tiger' Claw proprio il tempo sufficiente affinché i combattenti distruggessero il malcapitato portaerei. Atterrato sul TCS Austin, hai scoperto di essere stato l'unico pilota ad incontrare questi combattenti "stealth". Inoltre, il disco registratore di volo è misteriosamente scomparso proprio dopo aver atterrato. Portato davanti a una corte marziale generale, sei stato accusato di tradimento, e le tue affermazioni sui combattenti stealth sono state ignorate. La mancanza di prove ha portato le accuse di tradimento a essere ridotte a semplice negligenza, ma hai suscitato l'ira di alcuni ufficiali di bandiera, tra cui l'Ammiraglio Tolwyn. La tua carriera sembrava finita. Ma sei ancora un pilota della Marina della Confederazione Terran e in Wing Commander II; il tuo obiettivo è sconfiggere il nemico Kilrathi. Ogni missione che affronti (sia il tuo successo sia il tuo fallimento in ogni missione) influisce sulle probabilità della Confederazione di una vittoria definitiva.