Il gioco inizia con gli Shobijin che vengono portati via da un UFO, e che dicono 'AIUTO, MOTHRA!'. Il gioco inizia con la larva di Mothra che schiude da un uovo. La larva di Mothra può sparare ragnatele per stordire qualunque mostro (eccetto Godzilla e Hedorah). Mothra può camminare verso nord, sud, ovest ed est, ma lo schermo si blocca dopo aver salito, quindi Mothra non può andare in luoghi che sono usciti dallo schermo. Mothra può subire solo 5 colpi di danno minimo, e ci sono solo tre vite. Tuttavia, ci sono power-up nascosti che ristabiliscono la salute e che devono essere colpiti con ragnatele per essere rivelati e diventare ottenibili. È possibile ottenere vite extra totalizzando 30.000 punti.