La centrale nucleare di Keel, recentemente completata, è stata presa sotto controllo e S-SWAT hanno il compito di gestire la situazione. A meno che Laila (ora promossa a tenente) non sottolinei nell'introduzione, perché inviare in campo la squadra S-SWAT Supernatural per occuparsi di terroristi comuni? Come rivela il capo, hanno trovato strane creature nelle fogne - creature non di questo mondo, ma di Hades (l'altra dimensione nel primo gioco), il che significa che chi era dietro la crisi precedente è dietro anche questa. I superstiti rimasti si barricano dentro. La città è stata isolata e Laila è la candidata principale per la missione. Così parte, insieme a quattro altri membri di S-SWAT, per riprendere il controllo.