Verso la fine del XX secolo, l'Occidente scopre che un'arma di distruzione di massa è in fase di costruzione all'interno di Outer Heaven, uno stato fortificato fondato da un mercenario leggendario a 200 km a nord di Galzburg, Sudafrica. L'unità FOXHOUND invia l'agente di punta Gray Fox per infiltrarsi nella fortezza, valutare la situazione e neutralizzare la minaccia. FOXHOUND perde il contatto con Gray Fox alcuni giorni dopo, e la sua ultima trasmissione è "METAL GEAR..." Per scoprire cosa sia successo a Gray Fox, il comandante di FOXHOUND Big Boss invia nella zona il suo più recente recluta, Solid Snake, in un'operazione il cui nome in codice è Intrude N313. All'inserimento in Outer Heaven, Snake entra in contatto con i membri della resistenza locale Schneider, Diane e Jennifer. Usando tutte le sue abilità e l'equipaggiamento che reperisce sul posto, riesce a salvare Gray Fox. Gray Fox spiega che Metal Gear è il nome in codice di un carro armato bipede equipaggiato con testate nucleari, capace di impegnarsi in tutte le forme di combattimento e di lanciare ordigni nucleari da qualsiasi luogo. Outer Heaven intende usare Metal Gear per imporsi come la nuova superpotenza mondiale. Per distruggere Metal Gear e rovesciare i mercenari di Outer Heaven, Snake salva l'ingegnere capo di Metal Gear, il dottor Pettrovich Madnar, e sua figlia Ellen. Lo scienziato spiega come Metal Gear possa essere distrutto, e Snake affronta le truppe di Outer Heaven. Tuttavia, inizia a notare che le trappole poste sul suo cammino sono troppo precise, e si chiede come vengano tracciate le informazioni sulle sue attività. Big Boss comincia a comportarsi in modo strano e alla fine ordina a Snake di abortire la missione (rompendo la quarta parete dicendo al giocatore di spegnere la console). Inoltre, Schneider viene assalito da ostili ed è ritenuto morto dopo aver perso il contatto con Snake. Snake penetra la base principale di Outer Heaven e elimina Metal Gear prima che venga portato a termine. Mentre fugge in sicurezza dal seminterrato del complesso, viene affrontato dal leader mercenario di Outer Heaven, che si rivela essere Big Boss. Il leader corrotto rivela di aver usato le sue connessioni per rubare informazioni militari, creare la propria forza mercenaria e finanziare le sue attività. Il suo obiettivo era far diventare Outer Heaven la più grande superpotenza del mondo, capace di mettere persino l'Occidente in ginocchio. Aveva fatto inviare Snake, un rookie, sperando di catturarlo e fornire informazioni fuorvianti alle autorità, ma aveva evidentemente sottovalutato le capacità di Snake. Avendo perso Metal Gear e gran parte delle sue forze, Big Boss sembra avviare la sequenza di autodistruzione del complesso, e promette che non morirà da solo; Snake gli farà compagnia. Snake sconfigge Big Boss nell'ultima battaglia ed esce dal complesso di Outer Heaven mentre questo crolla in fiamme alle sue spalle. Dopo i titoli di coda, viene visualizzato un messaggio di Big Boss che dice che incontrerà di nuovo Solid Snake.