La trama di Metal Slug si estende dall'inizio dell'era del terrorismo moderno, ambientata nel prossimo futuro del 2028. Ci sono due fazioni militanti che lottano per il potere: la Ribellione e l'Esercito Regolare. L'Esercito Regolare è una forza ben equipaggiata, moderna, gestita da diverse nazioni in tutto il mondo. La Ribellione è composta da varie piccole forze miliziane organizzate, che vanno dal terrorismo a gruppi di milizie scissioniste guidate dalla fame di potere. L'Esercito Regolare è una forza molto formidabile. Tuttavia manca di efficacia a causa della diffusa corruzione all'interno della catena di comando. Altri funzionari spesso negano i rapporti e le raccomandazioni forniti dagli ufficiali di intelligence. Questo porta spesso a fallimenti dell'intelligence che provocano conseguenze drammatiche. Il Vice Ammiraglio Donald Morden del Regular Army Marine Corps è uno dei protagonisti principali che scatena gli eventi di Metal Slug. Ha la reputazione di essere un ufficiale duro, efficiente e premuroso dell'Esercito Regolare, ed è molto stimato dalle sue truppe. È anche un padre premuroso per suo figlio. Tuttavia, Morden diserta immediatamente verso la Ribellione quando suo figlio viene ucciso nel bombardamento di Central Park causato da un fallimento di intelligence da parte dell'Esercito Regolare. Si è auto-promosso al grado di Generale. Nel 2026, un anno dopo il tentato assassinio del Presidente degli Stati Uniti, lanciato dalla Ribellione sotto il comando del Generale Donald Morden, la Ribellione ha lanciato un massiccio attacco contro le forze dell'Esercito Regolare in tutto il mondo. Sebbene l'agenzia di intelligence dell'Esercito Regolare avesse molte indicazioni che un attacco del genere fosse imminente, i funzionari dell'Esercito Regolare hanno nuovamente ignorato gli avvertimenti. Con le forze dell'Esercito Regolare colte di sorpresa, la Ribellione li ha quasi annientati grazie al loro numero superiore e alle tecnologie emergenti.