Il laboratorio che sta sviluppando la prossima generazione di METAL SLUGs è preso d'assalto e un disco dati contenente segreti di METAL SLUG viene sequestrato. Marco e Tarma hanno l'ordine di recuperare il disco e di precipitarsi a rintracciarlo. Nel frattempo, Eri e Fio, che stanno indagando sull'organizzazione paramilitare Ptolemaic Army che sta razziando rovine storiche, riescono a rintracciarla in una rovina antica nota come la "Corridor of Fire". Attaccano il sito nel tentativo di sopraffarli, ma vengono respinti dai nativi e dai METAL SLUGs giganteschi. Questo incidente rende chiaro che il nemico dietro il furto dei segreti di METAL SLUG è la Ptolemaic Army. Le Forze Governative decidono di effettuare un secondo assalto al "Corridor of Flame" utilizzando una forza d'élite composta da PF Squad e membri di S.P.A.R.R.O.W.S. per recuperare i segreti e distruggere l'organizzazione paramilitare!! Un disco speciale che contiene segreti profondi e intricati sul progetto METAL SLUG è rubato da un misterioso gruppo chiamato Ptolemaic Army, la cui specialità risiede negli scavi archeologici e nello spionaggio. Marco e Tarma della Peregrine Falcon Strike Force danno la caccia al gruppo e, nel frattempo, si uniscono a Eri e Fio di SPARROWS. Insieme ancora una volta, il quartetto indaga sull'obiettivo avvolto nel mistero della Ptolemaic Army.