La storia inizia quando Ness viene svegliato da una meteora che si è schiantata sulla Terra vicino a casa sua, dopodiché procede a indagare sul sito dello schianto. Quando Ness arriva sul sito dello schianto, scopre un posto di blocco della polizia e Pokey Minch, suo amico e vicino di casa, che gli dice di tornare a casa. Più tardi, Ness viene svegliato di nuovo da Pokey che bussa alla sua porta, chiedendo aiuto per trovare suo fratello Picky. Lo trovano vicino alla meteora, dormente dietro un albero, e lo svegliano. Poi i tre incontrano un insetto proveniente dalla meteora di nome Buzz Buzz che informa Ness che proviene dal futuro, dove il "distruttore cosmico universale", Giygas, domina il pianeta. Buzz Buzz percepisce un grande potenziale in Ness e lo istruisce di intraprendere un viaggio per cercare e registrare le melodie di otto "santuari", unire i propri poteri a quelli della Terra e ottenere la forza necessaria per affrontare Giygas.