In 7th Dragon III Code: VFD, il mondo è avvolto in un'epoca di oscurità e grande pericolo. Nell'anno 2100, i draghi sono scesi sulla Terra e l'umanità è nelle mani di queste terrificanti bestie. Tuttavia, non tutto è perduto. In qualità di protagonista, il giocatore farà squadra con Nodens Enterprises — un’azienda videoludica dedicata a fermare la minaccia dei draghi — per diventare un cacciatore di draghi e, in ultima analisi, il salvatore dell'universo. Sebbene i tempi siano cupi, Nodens Enterprises ha trovato un modo per ribaltare l'equilibrio a favore dell'umanità: viaggiando nel tempo in tre diverse epoche, il protagonista può sconvolgere l'equilibrio del potere dei draghi. Questo gli darà l'avvantaggio per sconfiggere i Draghi Veri e avere una possibilità contro il più potente di tutti… il 7th Dragon: VFD.