Una nuova storia è stata aggiunta in Mario & Luigi: Bowser's Inside Story + Bowser's Journey. Questa novità nella trama principale vede Bowser Jr. come protagonista. Mentre Bowser è occupato durante la storia principale, questa avventura segue Bowser Jr. nel tentativo di curare i blorbs da solo, dopo che questi hanno causato a numerosi servitori di gonfiare fino a diventare immobile. A differenza del suo predecessore (Minion Quest: The Search for Bowser, incluso in Mario & Luigi: Superstar Saga + Bowser's Minions), non è necessario accedervi dall’interno di Bowser’s Inside Story.