Il giocatore si risveglia in una caverna senza alcun ricordo di come vi sia arrivato. Trova un villaggio di Mimiga, che sono perseguitati dal Dottore. I servi del Dottore, Misery e Balrog, stanno cercando Sue Sakamoto, una ragazza che era stata trasformata in Mimiga. Non trovandola, abbandonano erroneamente un altro Mimiga di nome Toroko. Il giocatore trova Sue nel Corridoio delle Uova, dove lei scopre le uova di un Drago Celeste, che potrebbero permetterle di fuggire dall'isola fluttuante se schiuse. Sue tenta di salvare suo fratello Kazuma, ma King, il capo del Villaggio dei Mimiga, la cattura e la ritiene responsabile del rapimento di Toroko. Sue incarica il giocatore di recuperare Kazuma da Grasstown. Dopo averlo liberato, incontrano il Professor Booster, che rivela che il Dottore intende usare i fiori rossi sui Mimiga per creare un esercito per conquistare il mondo di superficie. Booster invia il giocatore nella Sand Zone per distruggere i fiori rossi prima che il Dottore possa trovarli. Lì, il giocatore incontra Curly Brace, una robot femminile che anch'essa non ha ricordi del suo passato, e Jenka, una vecchia strega che è la madre di Misery e custode dei fiori rossi. Jenka chiama il personaggio giocatore un "soldato dalla superficie", uno tra molti inviati sull'isola per sterminare i Mimiga. Misery trasporta il giocatore nel Labirinto, situato nel profondo dell'isola, come punizione per aver interferito con i piani del Dottore. Anche Curly Brace è stata gettata nel Labirinto e collaborano per fuggire. Balrog li aiuta a muovere la roccia che ostruisce l'uscita, rivelando la sua natura benevola. La coppia trova e sconfigge il Core, una creatura magica il cui potere mantiene l'isola sospesa. Tuttavia, il Dottore interviene per salvarlo prima che l'isola crolli. A seconda di determinate condizioni, il giocatore può salvare Curly Brace, che aveva sacrificato la sua bombola d'ossigeno per salvare il personaggio. Quando torna al Villaggio dei Mimiga, scopre che il Dottore ha catturato i Mimiga. Nel Corridoio delle Uova, Kazuma offre al giocatore la scelta di fuggire dall'isola con lui usando un Drago Celeste, portando a una fine alternativa in cui il Dottore conquista il mondo di superficie, mentre Kazuma e il giocatore si nascondono tra le montagne. Il giocatore può invece scegliere di confrontare il Dottore e distruggere il Core dell'isola, il che riporterà i Mimiga alla normalità. Il giocatore scala la parete esterna dell'isola per raggiungere la Plantation, dove il Dottore sta usando i Mimiga come schiavi per coltivare fiori rossi. Le serve del Dottore lo catturano e lo rinchiudono in una cella con Sue. Lei viene portata via prima che il giocatore si risvegli, ma la sua lettera rivela che il Dottore era un membro della spedizione di ricerca che comprendeva la famiglia di Sue e il Professor Booster, ma li tradì non appena trovò la Corona Demoniaca. Sue indica al giocatore di trovare sua madre, che potrebbe avere un piano per fermare il Dottore. Se il giocatore ha salvato in precedenza Curly Brace, potrebbe trovare un oggetto per ripristinare i suoi ricordi. Lei ricorda che il nome del personaggio giocatore è Quote, e che non erano i robot killer che massacrano i Mimiga in passato. Invece, furono mandati a distruggere la Corona Demoniaca per impedire che il suo potere cadesse nelle mani sbagliate. Quote trova la madre di Sue, Momorin, che sta costruendo un razzo che permetterà l'accesso alla sommità dell'isola dove risiede il Dottore. Dopo averla aiutata a completare il razzo, Quote affronta Misery e il Dottore. Il Dottore ha purificato l'essenza dei fiori rossi in un cristallo, che gli permette di sopravvivere anche dopo che Quote distrugge il suo corpo. Lo spirito del Dottore possiede il Core dell'isola, ma Quote riesce a distruggerlo anche lui, causando l'isola a cadere sulla Terra. Sotto determinate condizioni, il giocatore può procedere in una fase bonus chiamata Bloodstained Sanctuary, dove è imprigionato il creatore della Corona Demoniaca, Ballos. Ballos, fratello di Jenka, era un potente mago che impazzì dopo essere stato torturato. Misery costrinse Ballos a creare la Corona Demoniaca, ma lei e Balrog divennero maledetti per servire chiunque la possedesse. Con l'aiuto di Curly Brace, Quote sconfigge Ballos e ferma la fonte dell'energia negativa che stava causando il crollo dell'isola, salvando i suoi abitanti. Balrog salva i due prima che vengano schiacciati dalla prigione crollante di Ballos—era stato inviato da Misery come ringraziamento per aver spezzato la sua maledizione. Quote, Curly Brace e Balrog lasciano l'isola per vivere i loro giorni in pace.