Sebbene il titolo indichi che sia il secondo gioco della saga, questo è il primo gioco nella linea temporale classica, poiché il primo gioco è una storia autonoma senza alcuna relazione con gli altri titoli. C'era una volta uno scienziato dotato di un intelletto sovrumano e di una determinazione straordinaria. Secondo la sua mente ineguagliabile, la distruzione dell'umanità si avvicinava: un potere mostruoso proveniente dallo spazio. Gli sembrava che gli esseri umani non sarebbero stati in grado di resistergli. Così costruì un gigantesco robot per attingere al potere necessario a difendere la Terra. Il nome di questo robot è Valsion; il robot definitivo, vantando una potenza immensa. Tuttavia, lo scienziato, Bian Zoldark, si sentì insicuro. Pensava che se tutto il genere umano non fosse unito, se tutti i loro sforzi non fossero concentrati, non sarebbero stati in grado di difendersi dall'invasione spaziale. Per impedire che questo pensiero diventasse realtà, egli formò una società segreta, i Divine Crusaders (DC), e accumulò costantemente riserve per essa. Per unire il mondo con la forza; in altre parole, conquistare il mondo... La mobilitazione dei DC fu rapida. Inaspettatamente, i piloti di Super Robot caddero, uno dopo l'altro, nelle mani dei DC. Con sempre più Super Robot che si univano a loro e con la potenza minacciosa del Valsion, sembrava che fosse solo una questione di tempo prima che il mondo intero cadesse sotto il controllo dei DC. Tuttavia, anche se DC avesse conquistato l'intero mondo, ci sarebbero state persone che avrebbero continuato a opporsi al loro dominio. Miracolosamente, alcuni Super Robot sfuggirono dalle loro mani, tra cui Gundam, Mazinger Z e Getter Robo; loro e i loro piloti si oppongono a DC con tutto il cuore. Riuniti sulla White Base, iniziarono a guadagnare potere mediante attività di guerriglia, raccogliendo alleati provenienti da vari luoghi per ribellarsi contro DC.