Nel futuro, tutte le reti di comunicazione collassano tranne la rete GIGO, che d'ora in poi controlla tutti gli aspetti della vita umana. Tra i servizi di GIGO c'è un MMORPG chiamato Digital Monsters. Sconosciuto a tutti, il gioco si collega in realtà al Digital World e i giocatori stanno effettivamente allevando Digimon, ma solo pochi Tamers possono udire le loro voci e interagire con loro al di fuori del gioco. Taiga e i suoi amici vengono mandati nel Digital World quando l'enigmatico Mirei invia loro un'email a cui si risponde con l'espressione "Re:Digitize". Lì, Taiga e gli altri dovrebbero aiutare Jijimon a ricostruire il Primary Village, che stava perdendo popolazione a causa di una crisi avvenuta su File Island. Mentre aiutano a ricostruire la città e a indagare sul mistero della crisi sull'isola e sul loro arrivo nel Digital World, i ragazzi si imbattono in Digimon selvaggi e pericolosi che sono stati infettati dal misterioso Blackening Phenomenon. Per ripristinare i Digimon e il Digital World, i nostri eroi devono svelare il mistero del Vitium GIGO Project e sconfiggere la terribile creatura nota come Vitium.