Fire Emblem Echoes segue la stessa trama di base di Fire Emblem Gaiden, con i protagonisti Alm e Celica che combattono in una guerra che ha consumato le nazioni di Rigel e Zofia sul continente di Valentia. Echoes introduce personaggi nuovi nella storia che non esistevano in Gaiden, come una nuova amica di Alm, Faye, e un nuovo antagonista, Berkut (che sostituisce Seazas nell'Atto 4), oltre a un nuovo prologo che amplia la relazione d'infanzia tra Alm e Celica. Inoltre, viene aggiunta una sesta capitolo dopo la fine della storia originale di Gaiden, ampliando il retaggio di Valentia e collegando il gioco a Awakening.