Dopo la distruzione di Ansem e Xemnas per mano di Sora e Riku, Xehanort viene riportato in vita. In risposta, Yen Sid sottopone Sora e Riku a un esame Mark of Mastery affinché diventino Maestri della Keyblade a pieno titolo e contrastino il prossimo ritorno del Maestro Xehanort. Come parte di questa prova, i due vengono separati l'uno dall'altro e mandati in mondi precedentemente distrutti dai Heartless che da allora sono stati restaurati, sebbene ora in uno stato di "deep sleep" che li separa dagli altri mondi. Questi sette mondi sono afflitti da Dream Eaters — creature nate dall'oscurità che cercano i Keyholes dei mondi dormienti. Il compito affidato a Sora e Riku è riaccendere i mondi dormienti sbloccando i sette Keyholes che troveranno lì e poi tornare nel regno della luce, reclutando Dream Eaters benevoli "Spirit" per guidarli e combattere i Dream Eaters malvagi "Nightmare", dopodiché saranno considerati Maestri della Keyblade.