Dopo anni di apparente buona volontà, Mario e Donkey Kong sono di nuovo all'opera — questa volta, su Game Boy Advance. Donkey Kong ha rubato tutti i giocattoli Mini-Mario dalla Mario Toy Co., e ora tocca a Mario dare la caccia al suo storico nemico e recuperare i beni rubati. Nei panni di Mario, devi correre attraverso livelli impegnativi mentre trovi le chiavi e liberi i Mini-Marios prima che scada il tempo. Lungo la strada, imparerai nuove mosse che possono aiutarti a superare nuovi rompicapi.