La crociata del Dottor Wily per conquistare il mondo termina bruscamente tra le mani di Mega Man, quindi cosa può fare un cattivo? Creare una distrazione e fuggire dalla prigione! Mega Man ha le mani piene mentre quattro gigantesche macchine escono dal laboratorio del Dottor Wily per devastare la città, ma... chi c'è dietro questa nuova trama mentre Wily è dietro le sbarre? Il Dottor Wily sapeva che le sue imprese diaboliche avrebbero finito per fallire un giorno. Mentre i suoi robot attaccano da remoto, il sinistro dottore evade dalla prigione e parte a bordo della sua astronave. Il Titanium Titan viene ingannato! Con l'aiuto di Rush, Roll e Dr. Light, Mega Man può rimettere lo scaltro Dottor Wily in prigione, dove appartiene? Il futuro del mondo dipende da ogni mossa di Mega Man.