Anche dopo la sua schiacciante sconfitta tra le mani di Mega Man durante gli eventi di Mega Man: Dr. Wily's Revenge, Dr. Wily stava già pianificando il suo prossimo piano. Se riuscisse a mettere le mani sulla macchina del tempo (nominata Time Skimmer nel manuale americano) che era in sviluppo presso Time-Space Research Laboratory (chiamato Chronos Institute nel manuale americano), pensava di poter forse cambiare il passato. Dopo aver rubato la macchina del tempo, Wily aveva voluto partire subito per un viaggio attraverso il tempo, ma dovette mettere in pausa i suoi piani quando scoprì che la macchina del tempo aveva un difetto grave. Nel frattempo, Dr. Light era stato inviato al laboratorio del tempo e dello spazio per indagare. Con l'aiuto del super-olfatto di Rush, riuscì a dedurre che non era altro che Dr. Wily dietro il furto. Avendo una cattiva sensazione riguardo all'incidente, Dr. Light chiamò rapidamente Mega Man e Rush per rintracciare la posizione di Dr. Wily.