Qualche mese dopo la sconfitta di Dr. Wily in Mega Man II, vennero riportate diverse cattive notizie nel laboratorio del Dr. Light da tutto il mondo, tra cui condizioni meteorologiche anomale, guasti ai trasporti e anomalie industriali. Apparentemente, le funzioni del supercomputer che gestisce la vita quotidiana delle persone in tutto il mondo hanno malfunzionato, e un esercito di robot ha cominciato a seminare il panico nella città. Il Dr. Light deduce che Dr. Wily deve essere in grado di trasmettere potenti onde di disturbo per interferire con il supercomputer ed è all'origine dell'esercito di robot, e chiede a Mega Man di fermare i robot.