Nel 20XX, pochi mesi dopo Mega Man III, scienziati di tutto il mondo si sono riuniti all'annuale Esposizione Mondiale dei Robot, dove hanno mostrato le loro ultime creazioni, robot sviluppati per la pace nel mondo. Il Dr. Light ha partecipato all'esposizione insieme a Rock, Rush e Beat. È stata presentata una varietà di robot industriali, ma all'improvviso è apparso nel cielo un UFO sospetto. Il Dr. Wily si è rivelato e ha annunciato che userà i robot dell'esposizione per aiutarlo nella sua ricerca di dominazione mondiale, controllando i robot con un'onda radio. Rock e Rush non sono stati influenzati a causa dei loro circuiti, che hanno un forte senso della giustizia, ma Beat ha perso quattro dei suoi componenti nel trambusto. Il Dr. Light è tornato rapidamente al suo laboratorio per trasformare Rock nel robot da combattimento Mega Man. Nel frattempo, il Dr. Wily ha disperso i robot controllati per provocare caos in città. Pronto per la battaglia, Mega Man deve fronteggiarsi ai robot ad alte prestazioni, recentemente sviluppati dall'esposizione, e fermare il Dr. Wily; se possibile, deve anche ritrovare i pezzi che Beat ha perso affinché possa aiutarlo.