La storia è ambientata 50 anni dopo la distruzione delle civiltà umane da parte del pazzo supercomputer Noah. Il protagonista (nome di default "Hinata") è un giovane ragazzo che vive pacificamente con la sua sorella adottiva Sasha e il padre adottivo Gib sulle isole desertiche. Un giorno, un gruppo di forze misteriose attaccò la loro isola. Il protagonista e Sasha riuscirono a scappare ma Gib fu rapito. Sasha dice al protagonista che Gib e lui erano delle "Hot Seeds". Il progetto di sigillare i sopravvissuti umani in camere di ibernazione, avviato 50 anni fa, al fine di preservare l'umanità e ripristinare la civiltà umana dopo la "Grande Distruzione". Sasha rivela di essere un android incaricato di proteggere sia Gib che il protagonista. La motivazione dei cattivi per catturare Gib è sbloccare l'arma definitiva "Black Mole"(クロモグラ), una "fortezza mobile indistruttibile" creata per combattere Noah, e Gib era uno dei suoi creatori. Pertanto, il protagonista deve salvare Gib per impedire ai cattivi di mettere le mani sul "Black Mole".