Sei tu contro la malvagia Mother Brain nello scontro mozzafiato di Metroid! Sei all'interno del pianeta-fortezza Zebes. Il pianeta dei passaggi segreti senza fine in cui i Metroid si moltiplicano. Lasciati soli, i Metroid sono innocui. Ma nelle mani sbagliate potrebbero distruggere la galassia. È compito tuo impedire alla Mother Brain, che controlla Zebes, di usare i Metroid per scopi malvagi. Ma non sarà facile. Dovrai usare la tua tuta spaziale per assorbire energia preziosa nella tua ricerca, per ottenere l'uso di oggetti di potenziamento come Ice Beam, Wave Beam, High Jump Boots e Varia. Se sopravviverai, sarai tu e i potenziamenti che hai acquisito contro la Mother Brain.