In Quest Mode, ti viene assegnata una sfida e quindi un campo che potrebbe già contenere puyo. Devi completare la sfida nel numero minimo di puyo necessari. Se fallisci, il gioco genererà una sequenza casuale di puyo che non ti permetterà mai più di completare la missione, costringendoti a riempire lo schermo o a rinunciare. Altrimenti, i controlli sono gli stessi di Puyo Puyo. Se un campo contiene puyo che non sono tutti a terra, oppure quattro o più puyo dello stesso colore connessi, potrai posizionare una coppia di puyo prima che cadano o vengano rimossi. Questo sarà essenziale per completare tali missioni. Il creatore di puzzle ti permette di creare i tuoi puzzle Nazo Puyo. Creare puzzle richiede di navigare tra diverse schermate tramite un menu. La prima schermata ti permette di disporre la griglia iniziale; premendo 1 si posiziona un puyo, tenendo premuto 2 e muovendo il D-pad si seleziona un puyo da posizionare dal lato destro. La seconda schermata sceglie un puzzle: Su e Giù cambiano il puzzle, Sinistra e Destra aumentano il numero o cambiano il colore, e 1/2 effettuano una selezione. La terza schermata sceglie quali colori di puyo appariranno; 1/2 attiva/disattiva. La quarta schermata sceglie le coppie di puyo che cadono — i controlli sono gli stessi della prima schermata, e dopo l’ottava coppia, il gioco assegnerà due colori casuali. La quinta schermata è il vero puzzle; la sesta torna al menu principale.