Alla Yasogami High School di Inaba, dove si sta svolgendo un festival della cultura, una strana campana suona, intrappolando l'Investigation Team all'interno della scuola. Nel frattempo, i membri della Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) si ritrovano trasportati all'ascensore della Velvet Room, che improvvisamente arriva anche a Yasogami. Scoprendo un labirinto nascosto sotto la scuola, i due gruppi si incontrano ed esplorano l'area, combattendo "ombre" lungo la strada, al fine di riacquisire i ricordi dei nuovi personaggi Zen e Rei, che i personaggi ritengono li condurranno alla libertà. Il dialogo e gli eventi variano a seconda della scelta del giocatore di seguire la squadra di personaggi di Persona 3 o di Persona 4.