Il personaggio giocante inizia in Pallet Town. Quando il personaggio giocante cerca di lasciare la città senza un Pokémon proprio, viene fermato all'ultimo istante da Professor Oak, che lo invita nel suo laboratorio. Lì, gli dà un Pokémon proprio e un Pokédex, raccontandogli del suo sogno di creare una guida completa su ogni Pokémon nel mondo. Dopo che il personaggio giocante affronta il suo rivale e lascia il laboratorio, ha il diritto di conquistare ogni Distintivo di Palestra, partecipare alla Pokémon League e realizzare il sogno di Oak catturando ogni Pokémon.